H ακρόπολη της Λίνδου κατοικήθηκε τουλάχιστον από την 4η χιλιετία π.Χ. ενώ η λατρεία της Αθηνάς τεκμηριώνεται από τον 9ο αι. π.Χ. Ο τύραννος Κλεόβουλος, ένας από τους επτά σοφούς της αρχαιότητας, κυριαρχεί τον 6ο αι. π.Χ. Τότε γίνονται σημαντικά έργα υποδομής στην πόλη και οικοδομείται ο ναός της Αθηνάς στην ακρόπολη, που καθιερώνεται ως τόπος λατρείας.
Το φημισμένο ιερό της παρέμεινε σε όλη την ελληνιστική και ρωμαϊκή περίοδο κέντρο λατρείας, όπως μαρτυρούν η στοά, τα προπύλαια, η ανάγλυφη πρύμνη πολεμικού πλοίου [τριημιολία], και πλήθος από εξέδρες και αφιερώματα.
Η συνέχεια στα βυζαντινά χρόνια τεκμηριώνεται από την παλαιοχριστιανική βασιλική [6ος αι. μ.Χ.], το βυζαντινό ναό [12ος-13ος αι. μ.Χ.] και τις οχυρώσεις. Οι Ιππότες του Τάγματος του Αγίου Ιωάννου κατέλαβαν το κάστρο το 1307 και οικοδόμησαν το διοικητήριο. O οχυρωματικός χαρακτήρας της ακρόπολης, ασφαλές καταφύγιο σε περίοδο κρίσεων, διατηρήθηκε στη βυζαντινή, μεσαιωνική και οθωμανική περίοδο. Το κάστρο παραδόθηκε στους Οθωμανούς το 1522 και μέχρι το 1844 παρέμενε εκεί φρουρά.
Εκτεταμένες ανασκαφές έγιναν στις αρχές του 20ού αι. από Δανική Αποστολή και εργασίες αναστήλωσης την περίοδο της Ιταλοκρατίας. Συστηματική μελέτη και αναστήλωση των μνημείων πραγματοποιεί το Ελληνικό Υπουργείο Πολιτισμού από το 1985.